按照“清污分流、污污分流”原則收集處理污水。
生產廢水來源于消毒清洗、電鍋爐及其軟化設備排污水、 高溫滅菌抽真空蒸汽冷凝液、滅菌器內腔冷凝液排廢水、 醫療廢物滲濾液、作業區地坪沖洗。生活污水來自于廚房、洗浴、衛生間沖廁等。另有消防廢水收集于事故水池， 初期雨水收集于調節池，事故池容積還要考慮污水處理設備 故障情形。
生產廢水（醫廢滲濾液、高溫消毒后殺菌室底部冷凝液、抽真空廢氣 冷凝液與消毒清洗廢水、生產區初期雨水等）與經化糞池或隔油池處理后 的生活污水混合進入污水處理站（生物接觸氧化池+MBR＋消毒過濾工藝） 處理達到 《醫療機構水污染排放標準》（GB18466-2005）表 1 傳染病、結 核病醫療機構水污染排放標準（日均值）和《城市污水再生利用城市雜用水水質》（GB/T18920-2002）車輛沖洗水質后，回用于車輛消毒清洗、地 面沖洗、廠區綠化等， 不外排。電鍋爐排放的清凈下水排至循環水池回用。
（3）固體廢物污染防治
污水處理站污泥、廢棄濾材（包括活性炭）、廢機油（S5）、 鍋爐軟水廢離子交換樹脂屬于危險廢物，按照危險廢物進行處置， 醫廢處置車間內設置危險廢物暫存間。
生活垃圾及處置后的醫療廢物送往生活垃圾填埋場或焚燒廠。
